Dannelsen af ninjutsusystemet strækker sig langt tilbage i Japans historie, flere kilder nævner så langt tilbage som 4.300 år, 2.500 år ogomkring 100 år. På grund af ninjaernes åbenlyse behov for hemmeligholdelse er præcis verificerbare kilder vanskelige, men ninjaerne er også fra omkring 1300-tallet kendt som "Shinobi no mono" ('shinobi' er en anden læsning af kanjiet for 'nin'). Tidligere endnu var de kendt som "rappa" eller "kusa" (græs), som nævnt i Hojo Godai Ki, eller i Kagimono-ki i Koyo Gunkan. Prins Shokotu (574-622) brugte Shinobi i dannelse af sin historiske magtbase, ligesom Prins Yamato citeres for anvendelsen af Hensojutsu ninjastrategier i Kojiki fra 714 e.Kr. De tidligste og bedst verificerbare kilder bruger ikke kun disse begreber, men også en lang række andre, som dækkede over samme gren af handlinger, blandt andet 'kancho' (spion) eller 'teisatsu' (spejder). Der er tilsvarende krigsstrategier beskrevet i bogen Tzun Zus "Art of war".

 Ninjutsu er brugt som en betegnelse for ukonventionelle enheders krigshandlinger på mange niveauer, noget som alle krigsførende Daimyo (lensherrer) benyttede sig af, men hvor behovet for disse specialenheders tjenster kan antages at være steget fra 1450 frem til 1615 i en borgerkrigsperiode (Sengoku Jidai) i Japans historie, frem til dannelsen af et stabilt militært politisk styre i form af Tokugawa shogunatet i midten af 1600-tallet. Det er derfor rimeligt at antage, at der har fundes mange variabler over ninjaer, fra simple lejesoldater på freelancebasis til strukturerede klaner med stor politisk indflydelse og egne dagsordner.

 Ninjutsu har en åndelig overbygning, 'ninpo', der kan betegnes som et filosofisk overbygning på de fysiske og taktiske teknikker.De bedst organiserede retninger indenfor ninjutsu/ninpo er udviklet til ryu-ha (kampkunsttraditioner), på linje med andre former for koryu, og videregivet fra generation til generation via en stormester.

 Ninjutsu er et af de ældste og sidste tilbageværende kampkunstsystemer, der ikke er blevet moderniseret til en sport. Der er ingen konkurrencer, regler eller vægtklasser.

 Den Ryu der undervises i, i Farsø, stammer fra det der i nutiden kaldes Shiga-præfektoratet, fra tiden omkring 960. Stilarten hedder Kawachi Yon Tengu Ryu, og er selv den dag i dag yderst anvendeligt da den både rummer teknikker til almindeligt selvforsvar (inklusive mod våben) samt mentale træningsteknikker der kan styrke ens koncentration og modvirke stress.